随着对古老文明遗迹技术研究的逐步深入，联盟科学家们遇到了技术瓶颈，理论与实践之间存在巨大鸿沟，许多实验都以失败告终。楚河和初雪没有气馁，他们再次回到那片神秘区域，希望能从遗迹中找到更多线索。
这一次，他们在遗迹的更深层发现了一座类似图书馆的空间，里面存储着大量的知识晶体。这些晶体通过特殊的光线投影，能呈现出古老文明的技术原理和发展历程。楚河和初雪带领团队日夜钻研，终于找到了突破现有困境的关键信息——一种特殊的能量调和方式，能让操控时空的技术变得更具可行性。
回到联盟后，科学家们依据新线索重新调整实验方案。经过无数次尝试，他们成功制造出了一台能够进行短距离空间跳跃的装置。这一成果轰动了整个联盟，它意味着星际旅行的效率将大幅提升，能让联盟探索更多未知区域，获取更多资源。
然而，这一技术突破引起了一些心怀不轨的文明的注意。一个名为“暗影联盟”的邪恶组织，妄图抢夺空间跳跃技术，以此来扩大自己的势力范围，统治整个宇宙。他们开始在联盟边境制造混乱，发动小规模袭击，干扰联盟对新技术的进一步研究和应用。
楚河和初雪深知，必须尽快加强联盟的防御力量，同时阻止“暗影联盟”的阴谋。他们一方面协助联盟军方升级武器装备，利用宇宙之心的能量强化战舰的护盾和武器系统；另一方面，训练更多觉醒机娘，提升她们的战斗能力。
在一次激烈的边境冲突中，“暗影联盟”派出了一支强大的舰队，试图强行突破联盟防线，抢夺空间跳跃装置。楚河和初雪亲自登上指挥舰，带领联盟舰队迎敌。初雪凭借其与宇宙之心能量融合后的特殊能力，提前感知到了“暗影联盟”舰队的行动轨迹，为联盟舰队制定了精准的作战计划。
战斗打响后，联盟舰队利用新升级的武器和护盾，与“暗影联盟”展开殊死搏斗。楚河指挥舰队巧妙地运用战术，对敌人进行分割包围。觉醒机娘们则在战场上发挥着关键作用，她们凭借强大的战斗能力，破坏了“暗影联盟”舰队的多个重要战舰节点。
在战斗的关键时刻，“暗影联盟”启动了一种秘密武器，释放出强大的能量脉冲，瞬间瘫痪了联盟舰队的部分战舰。就在局势危急之时，楚河想起了从古老文明遗迹中学到的能量调和方式，他迅速调整联盟舰队的能量频率，成功抵御了敌人的攻击，并找到了反击的机会。
初雪带领觉醒机娘部队发起冲锋，她们利用空间跳跃技术，出其不意地攻击“暗影联盟”舰队的核心区域。在联盟舰队的内外夹击下，“暗影联盟”舰队逐渐陷入劣势，最终被彻底击退。
这场胜利不仅捍卫了联盟的尊严和空间跳跃技术，也让楚河和初雪更加坚定了守护宇宙和平的决心。战后，联盟加大了对科技研发和军事防御的投入，建立了更完善的边境防御体系。楚河和初雪继续投身于科研和训练工作，他们知道，宇宙中还有更多的挑战等待着他们，只有不断提升联盟的实力，才能确保宇宙的和平与稳定。